Největší zbraní U.S.S. Discovery nejsou phasery ani torpéda, ale její jedinečný pohonný systém: spórový pohon. Nyní Discovery omylem pronikla do zrcadlového vesmíru, kde byl předchozí I.S.S. Discovery zničen. Několik členů I.S.S. Charon by se rádo Discovery zmocnilo a využilo ji pro své vlastní cíle.
Ve hře Star Trek: Discovery - Black Alert se hráči rozdělí do týmů a každý tým představuje klíčové členy posádky U.S.S. Discovery nebo I.S.S. Charon. Hráči se střídají v aktivaci míst na své lodi, navigují loď po mapě a snaží se plnit úkoly. Jedna posádka se snaží vrátit domů, zatímco druhá se chce zmocnit své lodi. Který tým z tohoto utkání vyjde vítězně?