Druhá světová válka byla největší a nejsilnější námořní válkou v dějinách. Od září 1939 až do kapitulace Japonska bylo širé moře globální bojovou zónou plnou mohutných bitevních lodí, hbitých křižníků, tichých lovců a plochých lodí s letadly.
Hra Seas of Thunder umožňuje hráčům nejen znovu vytvořit atlantickou nebo tichomořskou válečnou zónu, ale také zjistit, jak náročný byl celý obraz pro jejich velitele. Jak ochránit svět před německými útočníky? Jak zoufalé to bylo pro Velkou Británii, když padla Francie a oni zůstali v boji s Německem a Itálií na volném moři sami? Jaká je správná rovnováha pro sovětské loďstvo rozdělené mezi čtyři různé fronty (Baltskou, Černomořskou, Arktickou a Tichomořskou)? Pokud spojencům oslabí síly ve Středomoří, odkud mají čerpat lodě? Udeří Japonsko rychle, nebo bude hrát do úmoru? Bude Amerika bojovat na dvou, třech nebo čtyřech frontách?
Ve hře Seas of Thunder hráči zažijí napětí z příliš velkého množství otevřeného moře, které je třeba pokrýt s příliš malým počtem lodí, frustraci z toho, že byli zastiženi nepřipraveni, nebo intenzitu životně důležitého střetu v námořní oblasti s vysokou hodnotou. Vítězství není náhlé ani zaručené. V každé bitvě může o úspěchu či neúspěchu rozhodnout let Cataliny, nedostatek ASW, nesprávné rozložení leteckých sil nebo dokonce chybějící minolovka.