Kodama 3d vychází z karetní hy ve které jste si z karet skládali strom a díky tomu jste získávali jednotlivé elementy, nutné ke splnění vašeho tajného cíle. Tato verze hry má podobný průběh, pouze strom není z karet, ale z kartonu a vy na něj postupně přidáváte kartonové větvě a vytváříte svůj unikátní strom a snažíte se splnit zadané cíle.