Ve hře Battle for the Deep soupeří o vládu nad rozlehlými oceány čtyři vodní frakce: Podmořské království vedené Coraline Oceanus, Leviatani pod velením Scyphozoa Reginy, Ochránci a jejich želví matka a Denzeni z hlubin, které ovládá nekromant Azazel Dreadborne.
Po staletích bojů je však zřejmé, že ani jedno království není dost silné na to, aby v jejich světě zavládl mír. Frakce si musí vybrat své spojence.